如何利用MACS注释和可视化ChIP-seq结果

基因注释离不开转录因子和组蛋白修饰位点的研究。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的最常用的工具。相对应的ChIP-seq是用ChIP技术将目标蛋白与染色质连结起来,然后用超声波打碎基因组,添加与目标蛋白特异结合的抗体,从而形成抗体、目标蛋白、结合DNA形成的沉淀免疫结合体,分离这些结合体,将DNA分子从结合体中洗下,纯化,然后进行深度测序,所得到的测序结果就是ChIP-seq。
生物信息所在做的工作就是将测序得到的短序列准确的对应到参考序列上,从而进行注释和可释化显示,但由于深度测序的数据量非常大,所以一种好的算法对结果得到的时间和准确性至关重要,MACS就在这种背景下诞生了。同济大学生命科学与技术学院、哈佛大学公共卫生学院和达纳法癌症研究所的研究人员在近日在国际权威杂志《自然•实验方法》(Nature Protocols)上发表了题为“Identifying ChIP-seq enrichment using MACS”(PDF下载)的文章,详细介绍了MACS的使用方法,并且在 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/上可以免费下载。

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