CIRCOS快速安装

因要画圈图来展现测序获得的SNP的密度和质量,打算用用这个原来见过无数次但都没有用过的circos(听说非常强大)。

其实官网上已经给出了详细的安装教程,没有必要重复列出,这里主要说一下需要注意的问题。先简要说一下安装的顺序。

1、下载 circos (建议去官网下载)。

2、解压circos-current.tgz, 进入到解压后的文件,打开bin这个文件夹,运行

> circos -modules
ok       1.26 Carp
ok       0.37 Clone
ok       2.50 Config::General
ok       3.33 Cwd
ok      2.145 Data::Dumper
ok       2.52 Digest::MD5
ok       2.76 File::Basename
ok       3.33 File::Spec::Functions
ok       0.22 File::Temp
ok       1.49 FindBin
ok       0.39 Font::TTF::Font
ok       2.43 GD
ok        0.2 GD::Polyline
ok       2.37 Getopt::Long
ok       1.14 IO::File
ok       0.33 List::MoreUtils
ok       1.38 List::Util
ok       0.01 Math::Bezier
ok       1.59 Math::BigFloat
ok       0.06 Math::Round
ok       0.08 Math::VecStat
ok    1.01_02 Memoize
ok       1.13 POSIX
ok       0.95 Params::Validate
ok       1.36 Pod::Usage
ok       1.03 Readonly
ok 2010010201 Regexp::Common
ok       2.49 SVG
ok       1.16 Set::IntSpan
ok     1.6607 Statistics::Basic
ok       2.30 Storable
ok       1.11 Sys::Hostname
ok       2.02 Text::Balanced
ok       0.53 Text::Format
ok     1.9725 Time::HiRes

确定每个模块都ok,对于标记为missing的模块,使用cpan安装。GD模块安装不上的话接着看下一步。

3、安装GD

建议使用yum install 安装,附带的库也会一起安装,不然还要一下一个的下载源代码去安装,如ncurses, zlib,PNG,ttf ,libmcrypt,JPEG6libxml2,Fontconfig 非常麻烦。如果没有yum权限那就没有办法了,乖乖的一个一个安吧。

>yum -y install gd-devel.x86_64

4、安装好上面的GD库后,再返回再用cpan安装GD模块。

5、进入到circos的安装目录的example文件夹中,运行事例文件。

> ./run

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