Bioinformatics 2013年4月12日文章列表

引语

以下是《Bioinformatics》2013年4月12日文章列表,不过貌似需要Oxford Journals的权限才能下载到全文。

Original Papers
EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats
Jon Ison, Matúš Kalaš, Inge Jonassen, Dan Bolser, Mahmut Uludag, Hamish McWilliam, James Malone, Rodrigo Lopez, Steve Pettifer, and Peter Rice
Bioinformatics published 11 March 2013, 10.1093/bioinformatics/btt113

继续阅读

一批经过验证的高效miRNA引物

今天阅读文献,发现了一批经实验验证的高效的miRNA引物,这些引物能特异扩充对应的96个与Cancer相关的miRNA,可以识别单碱基差异,其方法也比较独特,引物工作流程可以参考下图,具体实验流程可参考原文。对于用荧光定量PCR(RT-PCR)研究miRNA的研究人员或许有些用处。 继续阅读

基因编辑技术开启新篇章

《自然》9月23日头条消息,美国明尼苏达州罗彻斯特市梅奥诊所研究人员领导的国际研究小组,开发出一种高效的基因组改编方法,可对斑马鱼基因组进行精确定位的剪切替换。该研究首次实现了对斑马鱼基因组分的自定义修改。
这里所指的高效的基因组编辑工具就是TALENs。我觉得TALENs将会开启后基因组时代新的篇章,具有不可估量的应用价值。
原文:“In vivo genome editing using a high-efficiency TALEN system”
如果不能下载到全文的,可将邮箱留下,我发过来。

如何利用MACS注释和可视化ChIP-seq结果

基因注释离不开转录因子和组蛋白修饰位点的研究。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的最常用的工具。相对应的ChIP-seq是用ChIP技术将目标蛋白与染色质连结起来,然后用超声波打碎基因组,添加与目标蛋白特异结合的抗体,从而形成抗体、目标蛋白、结合DNA形成的沉淀免疫结合体,分离这些结合体,将DNA分子从结合体中洗下,纯化,然后进行深度测序,所得到的测序结果就是ChIP-seq。 继续阅读

“Bioinformatics”9月15文章列表

ECCB 2012: The 11th European Conference on Computational Biology Full Free Text(PDF)
Long read alignment based on maximal exact match seeds Full Free Text(PDF)
Indel-tolerant read mapping with trinucleotide frequencies using cache-oblivious kd-trees Full Free Text(PDF)
DELLY: structural variant discovery by integrated paired-end and split-read analysis Full Free Text(PDF)
Decoding properties of tRNA leave a detectable signal in codon usage bias Full Free Text(PDF)
Accurate estimation of short read mapping quality for next-generation genome sequencing Full Free Text(PDF)
MetaCluster 5.0: a two-round binning approach for metagenomic data for low-abundance species in a noisy sample Full Free Text(PDF)
Stitching gene fragments with a network matching algorithm improves gene assembly for metagenomics Full Free Text(PDF)
An exome sequencing pipeline for identifying and genotyping common CNVs associated with disease with application to psoriasis Full Free Text(PDF)
Nonlinear dimension reduction with Wright–Fisher kernel for genotype aggregation and association mapping Full Free Text(PDF)
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies Full Free Text(PDF)
更多文章