纳米孔测序最全的总结(下载),几乎讲述了纳米孔测序的所有技术,文章的中文解读可以参考这篇博文。


以下是《Bioinformatics》2013年4月12日文章列表,不过貌似需要Oxford Journals的权限才能下载到全文。
Original Papers
Protein signature-based estimation of metagenomic abundances including all domains of life and viruses
Bioinformatics published 15 February 2013, 10.1093/bioinformatics/btt077
|
《自然》9月23日头条消息,美国明尼苏达州罗彻斯特市梅奥诊所研究人员领导的国际研究小组,开发出一种高效的基因组改编方法,可对斑马鱼基因组进行精确定位的剪切替换。该研究首次实现了对斑马鱼基因组分的自定义修改。
这里所指的高效的基因组编辑工具就是TALENs。我觉得TALENs将会开启后基因组时代新的篇章,具有不可估量的应用价值。
原文:“In vivo genome editing using a high-efficiency TALEN system”
如果不能下载到全文的,可将邮箱留下,我发过来。
基因注释离不开转录因子和组蛋白修饰位点的研究。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的最常用的工具。相对应的ChIP-seq是用ChIP技术将目标蛋白与染色质连结起来,然后用超声波打碎基因组,添加与目标蛋白特异结合的抗体,从而形成抗体、目标蛋白、结合DNA形成的沉淀免疫结合体,分离这些结合体,将DNA分子从结合体中洗下,纯化,然后进行深度测序,所得到的测序结果就是ChIP-seq。 继续阅读
ECCB 2012: The 11th European Conference on Computational Biology | Full Free Text(PDF) |
Long read alignment based on maximal exact match seeds | Full Free Text(PDF) |
Indel-tolerant read mapping with trinucleotide frequencies using cache-oblivious kd-trees | Full Free Text(PDF) |
DELLY: structural variant discovery by integrated paired-end and split-read analysis | Full Free Text(PDF) |
Decoding properties of tRNA leave a detectable signal in codon usage bias | Full Free Text(PDF) |
Accurate estimation of short read mapping quality for next-generation genome sequencing | Full Free Text(PDF) |
MetaCluster 5.0: a two-round binning approach for metagenomic data for low-abundance species in a noisy sample | Full Free Text(PDF) |
Stitching gene fragments with a network matching algorithm improves gene assembly for metagenomics | Full Free Text(PDF) |
An exome sequencing pipeline for identifying and genotyping common CNVs associated with disease with application to psoriasis | Full Free Text(PDF) |
Nonlinear dimension reduction with Wright–Fisher kernel for genotype aggregation and association mapping | Full Free Text(PDF) |
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies | Full Free Text(PDF) |
更多文章 |