miRNA命名规则

miRNA命名,由miRBase制定了一系列规则。以hsa-mir-125b-2为例,前三个字母是物种代码,如hsa表示“人”,mmu表示“小鼠”,rno表示”大鼠“,关于其它物种代码,我会另外进行一个汇总;mir表示此miRNA是前体miRNA或者是miRNA基因,如果是miR则为成熟miRNA;接下来的数字125是编号,后面的字母“b”是miRNA基因变成成熟miRNA后对于只有一个或两个位置差异相似度非常高的miRNA之间的编号,例如hsa-mir-125ahsa-mir-125b-1;紧接着后面的“-2”是区分前体miRNA不同而有一条成熟miRNA相同的标记,如hsa-mir-125b-1的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5phsa-miR-125b-1-3p,hsa-mir-125b-2的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5phsa-miR-125b-2-3p
对于成熟miRNA,中间会标记为”miR”,一般都会带后缀”-5p”或”-3p”,5p表示此成熟miRNA是由对应前体miRNA 5’臂转化而来,3p表示此成熟miRNA是由对应前体miRNA 3’臂转化而来,在18版本前的成熟miRNA有的会有后缀加” * “,有很多人发现后缀带”*”的在后面版本中一般变成后缀”3p”,但也有相当一部分后缀却变成”5p”,不能一概而论,一定要在miRBase数据库中核实。

miRNA命名规则》上有 2 条评论

  1. 后面的字母“b”是miRNA基因变成成熟miRNA后对于只有一个或两个位置差异相似度非常高的miRNA之间的编号,例如hsa-mir-125a和hsa-mir-125b-1;
    紧接着后面的“-2”是区分前体miRNA不同而有一条成熟miRNA相同的标记,如hsa-mir-125b-1的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5p和hsa-miR-125b-1-3p,hsa-mir-125b-1的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5p和hsa-miR-125b-2-3p。

    这段话怎么这么拗口?没看懂?求解释。

    • 谢谢关注,这里有一些小错误,我改正一下。
      “a”,”b”,是表示两个miRNA 相似度非常高但又不完全相同,所以用”a”,”b”来区分,后面加后缀”1″,”2″,是指前体miRNA的两条成熟miRNA中有一条完全相同,有一条不同。

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