原来一直用blast的，但NCBI已停止了对blast的更新，而强力推荐使用blast+,这次因为要做blast的数据量比较大，所以试了一下blast+，同时也用blast做了一下，发现blast+果然要快得多，看来习惯要改变了。其实blast+和blast的原理差不多，只不过程序参数和名称有了点变化而已，现简要介绍一下其本地化的方法：
1、下载最新版的程序，根据自己的系统选择合适的版本。
2、解压后进入程序目录……ncbi-blast-2.2.31+/bin，各个程序的功能说明可以参考我的另外一篇博客。
3、各程序的参数说明可以用自带的help，例如想查blastx的参数说明可以用： ./blastx -help
4、做blast前一般要先格式化数据库，除非只是几个序列之间的比对，例如格式化一个蛋白数据库可以用下列参数：
$HOME/……/ncbi-blast-2.2.31+/bin/makeblastdb -in uniprot_sport -dbtype prot -input_type fasta -parse_seqids -hash_index
主要几个程序的使用例子：
blastp -query protein.fa -out /protein.output -db dbname -outfmt 0 -evalue 1e-3 -max_target_seqs 20
blastn -query nucl.fa -out output -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10
blastx -query nucl.fa -out output -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10
参数说明:
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，2.2.31版共有14种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-max_target_seqs：找到的最大的目标的数目，也可用-num_descriptions，tabular格式输出结果的条数