1. miRanda的下载

现网上介绍的下载地址很多已经不能打开了，我使用的是linux版本，这个网址可以打开 http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz 像这种
http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do 已经打不开了，我记得还有一个java版本的，能在windows下运行，但现在也是找不到下载地址了。

2. 解压安装

按照一般软件解压安装的方法安装就可以了。

tar zxvf miRanda-aug2010.tar.gz
cd miRanda-3.3a/
./configure
make install

3. miRanda的运行

 miranda mirna.fa MK012335.1.fa -en -20 -out results.txt

第一个参数为miRNA的序列，第二个参数为靶标序列，比如基因组序列、转录本对应的3’UTR序列等，-sc指定序列比对打分的阈值，一般使用默认值140就可以了，小于该阈值的结合位点会被过滤掉，-en指定自由能的阈值，也就是常用的MFE值（ Minimum Free Energy，最小自由能）结果必须小于该阈值才可以，更多用法请参考官方文档。

4. 提取能找到靶标的miRNA

grep "^>" results.txt >hits_mirna.txt