miRNA命名，由miRBase制定了一系列规则。以hsa-mir-125b-2为例，前三个字母是物种代码，如hsa表示“人”，mmu表示“小鼠”，rno表示”大鼠“，关于其它物种代码，我会另外进行一个汇总；mir表示此miRNA是前体miRNA或者是miRNA基因，如果是miR则为成熟miRNA；接下来的数字125是编号，后面的字母“b”是miRNA基因变成成熟miRNA后对于只有一个或两个位置差异相似度非常高的miRNA之间的编号，例如hsa-mir-125a和hsa-mir-125b-1;紧接着后面的“-2”是区分前体miRNA不同而有一条成熟miRNA相同的标记，如hsa-mir-125b-1的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5p和hsa-miR-125b-1-3p，hsa-mir-125b-2的成熟miRNA为hsa-miR-125b-5p和hsa-miR-125b-2-3p。
对于成熟miRNA，中间会标记为”miR”，一般都会带后缀”-5p”或”-3p”，5p表示此成熟miRNA是由对应前体miRNA 5’臂转化而来，3p表示此成熟miRNA是由对应前体miRNA 3’臂转化而来，在18版本前的成熟miRNA有的会有后缀加” * “，有很多人发现后缀带”*”的在后面版本中一般变成后缀”3p”，但也有相当一部分后缀却变成”5p”，不能一概而论，一定要在miRBase数据库中核实。