1、PAF格式

paf格式为minimap2默认输出格式，结果至少包括12列：

Col	Type	Description
1	string	Query序列ID
2	int	Query序列长度
3	int	Query比对开始位置（*based）
4	int	Query比对结束位置（*based）
5	char	如果query/target是正链关系，’+’表示；负链关系，’-‘表示
6	string	Target序列ID
7	int	Target序列长度
8	int	Target比对开始位置
9	int	Target结束开始位置
10	int	比对上的碱基数 (matching bases)
11	int	对齐区域长度（包括gaps）
12	int	比对质量（0-255）

标签说明：

Tag	Type	Description
tp	A	aln类型：P/primary, S/secondary and I,i/inversion
cm	i	Number of minimizers on the chain
s1	i	Chaining score
s2	i	Chaining score of the best secondary chain
NM	i	Total number of mismatches and gaps in the alignment
MD	Z	To generate the ref sequence in the alignment
AS	i	DP alignment score
SA	Z	List of other supplementary alignments
ms	i	DP score of the max scoring segment in the alignment
nn	i	Number of ambiguous bases in the alignment
ts	A	Transcript strand (splice mode only)
cg	Z	CIGAR string (only in PAF)
cs	Z	Difference string
dv	f	Approximate per-base sequence divergence
de	f	Gap-compressed per-base sequence divergence
rl	i	Length of query regions harboring repetitive seeds

2、SAM格式

SAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。

1. 头部区：以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本，比对的参考序列，比对使用的软件等。

2. 主体区：比对结果，每一个比对结果是一行，有11个主列和一个可选列。

主体区部分：

列	关键字	描述
1	QNAME	Query序列ID
2	FLAG	Bwise FLAG(表示比对类型：paring,strand,mate strand等)，如：0，99，256，2048等
3	RENAME	Target序列ID
4	POS	比对到参考序列上的位置，从1开始计数；未比对上为0
5	MAPQ	比对的质量分数（越高说明比对到参考序列的上的位置越准确）。如果是255，说明该比对值无效。
6	CIGAR	简要比对信息表达式
7	MRNM	下一片段比对上的参考序列编号
8	MPOS	下一片段比对上的位置，如果不可用，此处为0
9	ISIZE	插入片段长度
10	SEQ	和参考序列在同一个链上比对的序列（若比对结果在负义链上，则序列是其反向重复序列，反向互补序列）
11	QUAL	比对序列的质量（ASCII-33=Phred base quality）reads碱基质量值
12	Optional Fields	可选的列以TAG：TYPE：VALUE的形式提供额外的信息

1. FLAG释义表如下

2.   CIGAR string，简要比对信息表达式，示例如下图

部分内容转自：https://blog.sciencenet.cn/blog-994715-1341509.html