Bioperl的简单快速安装

Bioperl 由于涉及到的包太多,需要超过12000的单独的检测,安装起来比较麻烦,而且很多检测都通不过,对于新手过于繁杂,现在bioperl官网介绍了一种简单快速安装的方法————用第三方工具进行安装,经亲自测试,效果非常好,现简要介绍而下。
1 安装perlbrew(https://perlbrew.pl/)
在终端输入

curl -L https://install.perlbrew.pl | bash

如果系统没有curl命令
对于linux系统

wget -O - https://install.perlbrew.pl | bash

FreeBSD系统

fetch -o- https://install.perlbrew.pl | sh

也可以用cpan安装,在终端输入(注意不需要先打开cpan)

1
2
sudo cpan App::perlbrew
perlbrew init

如果是用cpan安装,perlbrew程序安装在/usr/bin/perlbrew 或者 /usr/local/bin/perlbrew,默认的perlbrew的根目录是~/perl5/perlbrew 。

2 安装cpanm

perlbrew install-cpanm

3 安装Bio::perl

cpanm Bio::Perl

如果找不到cpanm,就输入cpanm的绝对路径

/root/perl5/perlbrew/bin/cpanm Bio::Perl

如果其中报错缺少哪个模块或者哪个模块版本太老,就先安装报错的模块,我的显示是 Test::More 模块版本太老,我就用cpan “install Test::More”就好了。如果正确安装会显示

–> Working on Bio::Perl
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.007001.tar.gz … OK
Configuring BioPerl-1.007001 … OK
Building and testing BioPerl-1.007001 … OK
Successfully installed BioPerl-1.007001
1 distribution installed

一般在第一步“Working on Bio::Perl”会等一段时间,因为是要下载安装包,只要没有报错,等着就可以了。

Bioperl的简单安装

按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上,或者是安装上了,但不能用,上面介绍的几种方法都试了,全不行,后面自己想了个办法,就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装,简单适应,如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。
0、用root用户登录,不能由于权限问题,安装不上去。
1、确定cpan能用。
>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q
2、升级cpan,保证安装的模块是最新的。
>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换,计算序列长度,blast信息提取等),中间会有些选项要求选择,一路回车采用默认的就行了。
cpan>install Bio::SeqIO
4、安装SeqFeature模块(序列特征信息的获取或解析)。
cpan>install Bio::SeqFeature
5、安装GenBank模块
cpan>install Bio::GenBank
6、安装AlignIO和AlignI模块(数据格式格式转换)。
cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI
7、安装DNAstatistics模块(序列统计分析,进化距离计算)。
cpan>install Bio::DNAstatistics

上面是一引起常用的模块,至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。
利用cpan安装的模块默认路径是当前用户的perl5/lib/perl5目录下面,如/root/perl5/lib/perl5/,如果运行perl -e “use Bio::SeqIO”还是找不到该模块的话,可以将 /当前用户/perl5/lib/perl5/下的文件拷贝到@INC目录中,如/usr/local/lib64/perl5/中,最好也将/当前用户/perl5/bin/中的文件拷贝到/usr/local/bin/perl5中,以后可在那里调用。