基因编辑技术开启新篇章

《自然》9月23日头条消息,美国明尼苏达州罗彻斯特市梅奥诊所研究人员领导的国际研究小组,开发出一种高效的基因组改编方法,可对斑马鱼基因组进行精确定位的剪切替换。该研究首次实现了对斑马鱼基因组分的自定义修改。
这里所指的高效的基因组编辑工具就是TALENs。我觉得TALENs将会开启后基因组时代新的篇章,具有不可估量的应用价值。
原文:“In vivo genome editing using a high-efficiency TALEN system”
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FTP下载工具Filezilla介绍

对于搞生物信息学的,有很多公共资源都可以通过FTP下载到,选择一个给力的FTP下载工具尤为重要,经过这么多年的使用体会,觉得Filezilla[软件下载]非常不错,界面简单易用,软件体积小,支持续传,关键还是免费。对于可以免费下载的资源,只需要在主机边输入ftp地址,其它的都不需要变,点击“快速连接”就可以了。如果连接断开,再点一下快速连接,选择默认的“放弃之前的连接并在当前标签中连接”,“确定”就行了。

如何利用MACS注释和可视化ChIP-seq结果

基因注释离不开转录因子和组蛋白修饰位点的研究。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的最常用的工具。相对应的ChIP-seq是用ChIP技术将目标蛋白与染色质连结起来,然后用超声波打碎基因组,添加与目标蛋白特异结合的抗体,从而形成抗体、目标蛋白、结合DNA形成的沉淀免疫结合体,分离这些结合体,将DNA分子从结合体中洗下,纯化,然后进行深度测序,所得到的测序结果就是ChIP-seq。 继续阅读

“Bioinformatics”9月15文章列表

ECCB 2012: The 11th European Conference on Computational Biology Full Free Text(PDF)
Long read alignment based on maximal exact match seeds Full Free Text(PDF)
Indel-tolerant read mapping with trinucleotide frequencies using cache-oblivious kd-trees Full Free Text(PDF)
DELLY: structural variant discovery by integrated paired-end and split-read analysis Full Free Text(PDF)
Decoding properties of tRNA leave a detectable signal in codon usage bias Full Free Text(PDF)
Accurate estimation of short read mapping quality for next-generation genome sequencing Full Free Text(PDF)
MetaCluster 5.0: a two-round binning approach for metagenomic data for low-abundance species in a noisy sample Full Free Text(PDF)
Stitching gene fragments with a network matching algorithm improves gene assembly for metagenomics Full Free Text(PDF)
An exome sequencing pipeline for identifying and genotyping common CNVs associated with disease with application to psoriasis Full Free Text(PDF)
Nonlinear dimension reduction with Wright–Fisher kernel for genotype aggregation and association mapping Full Free Text(PDF)
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies Full Free Text(PDF)
更多文章

NCBI中RefSeq各种accession说明(一)

我们在NCBI上找序列时,特别是看Blast结果时,经常会看到各种标记的序列,不知道哪个才是想要的,特此查了相关资料,找到了一些说明。根据个人经验,如果想找标准序列的话,mRNA就采用NM_开头的,基因组用NC_或者AC_开头的,有关RNA的编号说明,可以参考下一篇文章继续阅读