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常用生物信息程序

Bioperl的简单安装

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按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，简单适应，如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。
0、用root用户登录，不能由于权限问题，安装不上去。
1、确定cpan能用。
>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q
2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。
>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。
cpan>install Bio::SeqIO
4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。
cpan>install Bio::SeqFeature
5、安装GenBank模块
cpan>install Bio::GenBank
6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。
cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI
7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。
cpan>install Bio::DNAstatistics

上面是一引起常用的模块，至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。
利用cpan安装的模块默认路径是当前用户的perl5/lib/perl5目录下面，如/root/perl5/lib/perl5/，如果运行perl -e “use Bio::SeqIO”还是找不到该模块的话，可以将 /当前用户/perl5/lib/perl5/下的文件拷贝到@INC目录中，如/usr/local/lib64/perl5/中，最好也将/当前用户/perl5/bin/中的文件拷贝到/usr/local/bin/perl5中，以后可在那里调用。

PHP中的$_SERVER

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$_SERVER[‘PHP_SELF’] 当前正在执行脚本的文件名，与 document root相关。
$_SERVER[‘argv’] 传递给该脚本的参数。
$_SERVER[‘argc’] 包含传递给程序的命令行参数的个数（如果运行在命令行模式）。
$_SERVER[‘GATEWAY_INTERFACE’] 服务器使用的 CGI 规范的版本。例如，“CGI/1.1”。
$_SERVER[‘SERVER_NAME’] 当前运行脚本所在服务器主机的名称。
$_SERVER[‘SERVER_SOFTWARE’] 服务器标识的字串，在响应请求时的头部中给出。
$_SERVER[‘SERVER_PROTOCOL’] 请求页面时通信协议的名称和版本。例如，“HTTP/1.0”。
$_SERVER[‘REQUEST_METHOD’] 访问页面时的请求方法。例如：“GET”、“HEAD”，“POST”，“PUT”。
$_SERVER[‘QUERY_STRING’] 查询(query)的字符串。
$_SERVER[‘DOCUMENT_ROOT’] 当前运行脚本所在的文档根目录。在服务器配置文件中定义。
$_SERVER[‘HTTP_ACCEPT’] 当前请求的 Accept: 头部的内容。
$_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_CHARSET’] 当前请求的 Accept-Charset: 头部的内容。例如：“iso-8859-1,*,utf-8”。
$_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_ENCODING’] 当前请求的 Accept-Encoding: 头部的内容。例如：“gzip”。
$_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_LANGUAGE’] 当前请求的 Accept-Language: 头部的内容。例如：“en”。
$_SERVER[‘HTTP_CONNECTION’] 当前请求的 Connection: 头部的内容。例如：“Keep-Alive”。
$_SERVER[‘HTTP_HOST’] 当前请求的 Host: 头部的内容。
$_SERVER[‘HTTP_REFERER’] 链接到当前页面的前一页面的 URL 地址。
$_SERVER[‘HTTP_USER_AGENT’] 当前请求的 User_Agent: 头部的内容。
$_SERVER[‘HTTPS’] 如果通过https访问,则被设为一个非空的值(on)，否则返回off
$_SERVER[‘REMOTE_ADDR’] 正在浏览当前页面用户的 IP 地址。
$_SERVER[‘REMOTE_HOST’] 正在浏览当前页面用户的主机名。
$_SERVER[‘REMOTE_PORT’] 用户连接到服务器时所使用的端口。
$_SERVER[‘SCRIPT_FILENAME’] 当前执行脚本的绝对路径名。
$_SERVER[‘SERVER_ADMIN’] 管理员信息
$_SERVER[‘SERVER_PORT’] 服务器所使用的端口
$_SERVER[‘SERVER_SIGNATURE’] 包含服务器版本和虚拟主机名的字符串。
$_SERVER[‘PATH_TRANSLATED’] 当前脚本所在文件系统（不是文档根目录）的基本路径。
$_SERVER[‘SCRIPT_NAME’] 包含当前脚本的路径。这在页面需要指向自己时非常有用。
$_SERVER[‘REQUEST_URI’] 访问此页面所需的 URI。例如，“/index.html”。
$_SERVER[‘PHP_AUTH_USER’] 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是用户输入的用户名。
$_SERVER[‘PHP_AUTH_PW’] 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是用户输入的密码。
$_SERVER[‘AUTH_TYPE’] 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是认证的类型。

最新blast本地化

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原来做过本地blast，但那是三年前的事了，这次来新单位后要重新自己构建blast，才发现NCBI中blast已经有了很多变化，默认连接的下载页面变成了blast+，blast+中主要程序描述如下：

Program Function
blastdbcheck 检查数据库完整性
blastcmd 从blast数据库中检索序列或其它信息
blast_aliastool 创建数据库别名
blastn 核酸序列与核酸数据库比较
blastp 蛋白质序列与蛋白质数据库比较
blastx 核酸序列与蛋白持数据库比较
blast_formatter 使用指定的ID格式化网络blast结果
convert2blastmask 转换小写的masking成makeblastdb可读格式
dustmasker 过滤掉低重复序列
lagacy_blast.pl 转换一个legacy blast search程序为blast+配对并执行
makeblastdb 格式化一个FASTA文件为一个blast数据库
makembindex 为一个存在的核酸数据库建立一个megablast索引
psiblast 查找蛋白质家族，计算提供的蛋白质的遗传距离或者建立位置特异性矩阵
rpsblast 从一个蛋白质保守区域数据库中检索蛋白序列的功能区域
rpsblast 将核酸序列以六种阅读框的形式转换成蛋白序列后从蛋白保守区域数据库中检索蛋白功能区域
segmasker 过滤掉低重复序列并转换成蛋白序列
tblastn 在核酸数据库中检索蛋白序列
tblastx

核酸与核酸数据库在蛋白质水平比较
update_blastdb.pl 在NCBI中下载blast数据库

这个blast+程序虽然功能强大了，但一下子还用不习惯，而且平时用得最多的比较两个序列的程序也没有，于是想找原来的blast，阅读了大量的说明，花了我半天的时间终于找到了，地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST ，下载与系统匹配的就可以了，一般如果是windows XP 系统就下载win32的，windows 7或windows 8 64位的就下载win64，而我的系统为ubuntu 64位系统就下载了blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz，解压后在解压文件的/bin/文件夹就可以看到熟悉的blastall,formatdb,bl2seq等程序了，具体功能描述如下（原始说明）：

Program Function
bl2seq Directly comparing two FASTA sequences
blastall legacy blast containing the subfunction of blastn, blastp, blastx, tblastn, and tblastx
blastclust Clusters input FASTA sequences into related groups
blastpgp Standalone PSI-BLAST for search of distantly related protein sequences and generate position-specific matrices
copymat Copies blastpgp output for input to makemat
fastacmd Retrieves specific sequence or dumps the sequences from a formatted blast database
formatdb Convert FASTA formatted seqeucne file into BLAST database
formatrpsdb Format scoremat files into an RPSBLAST database
impala protein profile search program, mostly replaced by rpsblast
makemat Convert the copymat files into scoremat format, no loger needed by new blastpgp output
megablast Faster batch blastn program that uses greedy-algorithm. Works in contiguous or more sensitive discontiguous mode
rpsblast reverse PSI-BLAST program for searching against conserved domain database
seedtop Pattern search program

关于程序调用方法网上有很多资料，就不多在这里重复，这里只举个简单的例子，如调用bl2seq，“./bl2seq -i seq1.fa -j seq2.fa”。