centOS7 安装mysql5.7

mysql5.7相比较mysql5.6而言,有很大进步,特别对于安装来说,要简单得多。现将方法简介而下。
前两步和安装mysql5.6相同。
1、卸载mariadb
rpm -e mariadb-libs-5.5.37-1.el7_0.x86_64
###会提示错误:依赖检测失败
###加上–nodeps参数强制卸载
rpm -e –nodeps mariadb-libs-5.5.37-1.el7_0.x86_64
如果找不到就用yum -y remove mariadb-libs.x86_64
2、下载mysql5.7
进入mysql下载官网,点击左上方的“Community”,选择平台“Red Hat Enterprise Linux”,下载此版本下的mysql-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm-bundle.tar(大小为520.7M),如果点击Download会提示你要先登录Oracle帐户,如果没有帐户或者不想登录,可以点击下方的“No thanks,just start my download”,也可一个FTP站点下载,里面包含了几乎所有的mysql版本。
3、安装
解压:tar xvf mysql-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm-bundle.tar ,先安装“rpm -ivh mysql-community-common-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm”,然后“mysql-community-libs-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm”,再“mysql-community-client-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm”,“mysql-community-devel-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm”,最后“mysql-community-server-5.7.11-1.el7.x86_64.rpm”。
安装后mysql的主要文件如下:
MySQL Installation Layout for Linux RPM Packages from the MySQL Developer Zone

Files or Resources Location
Client programs and scripts /usr/bin
mysqld server /usr/sbin
Configuration file /etc/my.cnf
Data directory /var/lib/mysql
Error log file For RHEL, Oracle Linux, CentOS or Fedora platforms: /var/log/mysqld.log

For SLES: /var/log/mysql/mysqld.log

Value of secure_file_priv /var/lib/mysql-files
System V init script For RHEL, Oracle Linux, CentOS or Fedora platforms: /etc/init.d/mysqld

For SLES: /etc/init.d/mysql

Systemd service For RHEL, Oracle Linux, CentOS or Fedora platforms: mysqld

For SLES: mysql

Pid file /var/run/mysql/mysqld.pid
Socket /var/lib/mysql/mysql.sock
Keyring directory /var/lib/mysql-keyring
Unix manual pages /usr/share/man
Include (header) files /usr/include/mysql
Libraries /usr/lib/mysql
Miscellaneous support files (for example, error messages, and character set files) /usr/share/mysql

3、初始化
切换到root用户,启动服务“service mysqld start”,找到root用户的初始密码“grep ‘temporary password’ /var/log/mysqld.log”,用找到的密码登录root用户“mysql -uroot -p ”,改密码“mysql> ALTER USER ‘root’@’localhost’ IDENTIFIED BY ‘yourpasswd’; ”。

TGICL安装和使用

TGI Clustering tools(简称TGICL),是对大量EST或者转录本数据进行快速聚类的软件,也就是将序列进行组装拼接。原理是先用NCBI的megablast先粗略进行聚类,然后用CAP3进行组装。
1、下载
TGICL在sourceforge网站可以下载到(TGICL-2.1.tar.gz),我这里是下载的是最新的2.1版。
2、安装
$tar zxvf TGICL-2.1.tar.gz
$cd TGICL-2.1

$perl Makefile.PL
$make
$make test
$make install
完成

或者
perl Build.PL
./Build
./Build test
./Build install

tgicl就安在用户目录上了,可将刚安装好的perl包和程序分别拷贝到/usr/local/lib64/perl5/ 和/usr/local/bin/perl5/中。
用的时候调用此程序就可以了,如
/usr/local/bin/perl5/tgicl -F /home/用户/all.contigs.fasta

3、安装存在的问题及解决方法
(1)Can’t locate TGI/Mailer.pm in @INC (@INC contains:
那是找不到Mailer.pm,将TGICL-2.1/lib里的文件拷贝到/usr/local/lib64/perl5/中去就可以了。
(2)Can’t locate File/HomeDir.pm in @INC (@INC contains:
那是缺少perl的File/HomeDir.pm包,进入cpan,install File::HomeDir.pm
(3)Package main, File ./tgicl, Line 27 == Failed to find tgicl.cfg config file in
那是因为tgicl.cfg配置文件没有找到,将TGICL-2.1/conf/tgicl.cfg拷贝到tgicl所在的目录,如/usr/local/bin/perl5/。
(4)Use of :locked is deprecated at ……/TGI/DBDrv.pm line 36.
打开此文件,在our $VERSION = ‘0.01’;这句的下面加上一行,
no warnings ‘deprecated’;
###直接忽略掉deprecated警告
(5)运行时产生错误err_tgicl_all_contigs.fa.log文件显示不能运行formatdb程序,因为tgicl是32 bit系统的程序,在64位系统不能运行,要安装32位运行库glibc.i686和libstdc++.i686。直接yum install glibc.i686和yum install libstdc++.i686
(6)error while loading shared libraries: libz.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
安装zlib.i686
sudo yum install zlib.i686

centOS7 安装mysql5.6

因为mysql被Oracle收购后会逐渐走向收费,为避免以后的版权纠纷,centos7已经不支持mysql,而是内部集成mariadb代替,而安装mysql的话会和mariadb产生文件冲突,所以安装mysql前要先卸载mariadb。
1、卸载mariadb
rpm -e mariadb-libs-5.5.37-1.el7_0.x86_64
###会提示错误:依赖检测失败
###加上–nodeps参数强制卸载
rpm -e –nodeps mariadb-libs-5.5.37-1.el7_0.x86_64
如果找不到就用yum -y remove mariadb-libs.x86_64
2、下载mysql5.6
centos7等同与Red Hat7,下载此版本下的MySQL-client-5.6.21-1.el7.x86_64 .rpm MySQL-server-5.6.21-1.el7.x86_64.rpm就可以了,如果点击Download会提示你要先登录Oracle帐户,如果没有帐户或者不想登录,在其它地方下载相同的包也可以,如果不想在其它地方找又没有Oracle帐户,顺便注册一个就可以了。
如果嫌麻烦,也可一个FTP站点下载,里面包含了几乎所有的mysql版本。
3、安装mysql
进入到安装包所在目录
rpm -ivh MySQL-client-5.6.21-1.el7.x86_64.rpm
rpm -ivh MySQL-server-5.6.21-1.el7.x86_64.rpm
也可从源代码安装,不过先得安装cmake,软件包为mysql-5.6.24.tar.gz
cmake . -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql -DMYSQL_DATADIR=/data/mysql -DSYSCONFDIR=/etc
make
make install
4、生成mysql系统数据库
如果你马上登录mysql会提示找不到/var/lib/mysql/下的sock文件,因为还没有生成系统数据库。
mysql_install_db –user=mysql –basedir=/usr/share/mysql
###生成mysql系统数据库
5、登录mysql
mysql_install_db –random-passwords
###生成随机密码
随机密码保存在$HOME/.mysql_secret文件中,打开这个文件,找到密码。
mysql -u=root -p
###登录mysql,输入随机密码
6、修改root密码
mysql> SET PASSWORD FOR root@localhost=PASSWORD(‘yourpassword’);
###这时不要想着运行其它语句,初次登录时只能改密码
退出mysql
7、添加用户和数据库
用新密码重新登录数据库,创建用户和数据库