标签归档：BUSCO

BUSCO结果画图

发表于 由
回复

1、新建一个文件夹，将BUSCO的结果文件拷贝到的这个文件夹中，注意最好不要修改文件名称，如果修改，只改“short_summary.specific.eudicots_odb10.yourname.txt”中的”yourname”部分，且其中不要出现”.”，否则识别不出来，出现“No files matching the pattern short_summary.[generic|specific]* were found in result/” 这种错误。

mkdur -p plot/result
cd plot
cp ../JDB/short_summary.specific.eudicots_odb10.JDB.txt result/
cp ../SX/short_summary.specific.eudicots_odb10.SX.txt result/
cp ../RP_draf.asm_HiC/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_draf.asm_HiC.txt result/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_draf.txt
cp ../RP_draf.asm.hic.hap1/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_draf.asm.hic.hap1.txt result/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_hap1.txt
cp ../RP_draf.asm.hic.hap2/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_draf.asm.hic.hap2.txt result/short_summary.specific.eudicots_odb10.RP_hap2.txt

2、运行generate_plot.py 程序生成图，如果是用conda安装的busco，可以先激活busco，或者用其绝对路径“~/anaconda3/envs/busco/bin/generate_plot.py”

conda activate busco
generate_plot.py -wd result

BUSCO数据库包含物种

发表于 由
回复 
conda activate busco  ##激活busco
busco --list-datasets  ###查看可用的BUSCO数据库，查找目标物种属于哪个分类，分类越小越好

奈何很多物种名字不知道中文名字，我简单百度了一下，现列出真核生物包含的种类及中文翻译。

stramenopiles_odb10菌菌界
fungi_odb10菌真菌
ascomycota_odb10菌子囊菌门
basidiomycota_odb10菌担子菌门
mucoromycota_odb10菌毛霉门
saccharomycetes_odb10菌酵母纲
dothideomycetes_odb10菌座囊菌纲
eurotiomycetes_odb10菌散囊菌纲
leotiomycetes_odb10菌锤舌菌纲
sordariomycetes_odb10菌粪壳菌纲
mucorales_odb10菌毛霉目
boletales_odb10菌牛肝菌目
eurotiales_odb10菌散囊菌目
helotiales_odb10菌柔膜菌目
hypocreales_odb10菌肉座菌目
onygenales_odb10菌散囊菌目
pleosporales_odb10菌格孢腔菌目
polyporales_odb10菌多孔菌目
actinopterygii_odb10菌放线菌
agaricomycetes_odb10菌琼脂菌
agaricales_odb10菌伞菌
glomerellales_odb10菌炭疽病菌属
tremellomycetes_odb10植物银耳纲
viridiplantae_odb10植物绿色植物界
chlorophyta_odb10植物绿藻门
embryophyta_odb10植物有胚植物
eudicots_odb10植物真双子叶植物
liliopsida_odb10植物百合纲
brassicales_odb10植物十字花目
fabales_odb10植物豆目
poales_odb10植物禾本目
solanales_odb10植物茄目
microsporidia_odb10动物微孢子虫
nematoda_odb10动物线虫纲
alveolata_odb10动物囊泡虫类
plasmodium_odb10动物疟原虫属
euglenozoa_odb10动物眼虫门
arthropoda_odb10动物节肢动物门
insecta_odb10动物昆虫纲
arachnida_odb10动物蛛形纲
endopterygota_odb10动物全变态类
hemiptera_odb10动物半翅目
hymenoptera_odb10动物膜翅目
diptera_odb10动物双翅目
coccidia_odb10动物球虫
lepidoptera_odb10动物鳞翅目
mollusca_odb10动物软体动物门
aconoidasida_odb10动物无类锥体纲
apicomplexa_odb10动物顶复亚门
vertebrata_odb10动物脊椎动物亚门
metazoa_odb10动物后生动物
aves_odb10动物鸟纲
mammalia_odb10动物哺乳动物纲
eutheria_odb10动物真兽亚纲
cetartiodactyla_odb10动物鲸偶蹄类
primates_odb10动物灵长类
sauropsida_odb10动物蜥形类
tetrapoda_odb10动物四足类
capnodiales_odb10动物煤炱目
carnivora_odb10动物食肉目
chaetothyriales_odb10动物刺盾炱目
cyprinodontiformes_odb10动物 鳉形目
euarchontoglires_odb10动物灵长总目
eukaryota_odb10动物真核生物
glires_odb10动物啮类动物
laurasiatheria_odb10动物亚兽总目
passeriformes_odb10动物雀形目