samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列。

例如：

samtools faidx test.fa
samtools faidx test.fa chr1:200-400

那么faidx生成的.fai文件其实为一个文本文件，可以直接打开，通常包括5列，每列内容为：

NAME	Name of this reference sequence
LENGTH	Total length of this reference sequence, in bases
OFFSET	Offset in the FASTA/FASTQ file of this sequence's first base
LINEBASES	The number of bases on each line
LINEWIDTH	The number of bytes in each line, including the newline
QUALOFFSET	Offset of sequence's first quality within the FASTQ file

第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；

第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；

第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；

第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；

第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；