作者归档：yuyin110

360的困兽之斗——重新探讨奇虎商业模式

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今天看了一篇文章，觉得很有感触，现转载如下：
　　本文作者“雨枫”发表于雪球，作者系青岛美天网络科技有限公司 CEO 汉景奎
　　我是奇虎和苹果的空头。
　　很多人都问过我为什么看空这两支股票。关于苹果，前前后后写过不少帖子，基本上也阐明了理由。而对 360 的相关阐述比较少，对于看空的理由，一直缺少一个系统性的分析和说明。这次，我想把功课补上。 继续阅读 →

利用UCSC找序列的上下游基因

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如果有一段序列，想找到其上下游基因，方法很多，发现用UCSC比较直观明了。
以下面这段人源序列为例，首先打开UCSC 的Blat界面，选择基因组为“Human”，版本选择最新的“Fed.2009(GRCh37/hg19)”，其它的采用默认的，在文本域中拷入下面的序列，点击文本域下的“submit”提交就可以了。 继续阅读 →

EMBOSS简介

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EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite)欧洲分子生物学开放软件包，整合了目前大部分序列分析软件，可以进行序列转换，序列比对，序列翻译，酶切分析，引物设计，CpG岛分析等等等等，目前共有261个程序，程序使用也比较简单，根据需要挑选合适程序，设置恰当参数，调用就可以了。因为其软件开放，特别适合批量分析，可以根据自己的需要修改和调用，是生物信息中不可或缺的工具。不过需要注意的是由于版本的不同，或者开发者所处时代的局限性，有些软件开发得比较早，对于今天可能不再实用，所以不能都照搬，一定要做测试验证。还有一个问题是图形化界面不是太丰富。感兴趣的话可以下载。

一批经过验证的高效miRNA引物

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今天阅读文献，发现了一批经实验验证的高效的miRNA引物，这些引物能特异扩充对应的96个与Cancer相关的miRNA，可以识别单碱基差异，其方法也比较独特，引物工作流程可以参考下图，具体实验流程可参考原文。对于用荧光定量PCR（RT-PCR）研究miRNA的研究人员或许有些用处。 继续阅读 →

NCBI中RefSeq各种accession说明(二）

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在前面介绍了一些常见序列的accession号，其实在NCBI中还有很多accession号，仅与RNA相关的就有116种，这里各举一个例子供参考。不同的编码代号代表不同的意思，如NM_开头的表示标准序列，XM_表示预测的蛋白编码序列，NR_表示非编码蛋白的mRNA序列，AF开头的表示克隆序列，BC开头的表示模板序列，大家可以细细研究。 继续阅读 →