基因数据库下载

下面是Ensembl上的基因数据库下载,主要是哺乳动物,包括基因组序列,核酸序列,蛋白序列,及这些序列在EMBL和NCBI上的注释,还有提供的MYSQL数据库文件,并对物种名称做了一下简单的翻译,方便查找。如果要查找更详细的情况,可以直接上EMBL的网站。 继续阅读

利用UCSC找序列的上下游基因

如果有一段序列,想找到其上下游基因,方法很多,发现用UCSC比较直观明了。
以下面这段人源序列为例,首先打开UCSC 的Blat界面,选择基因组为“Human”,版本选择最新的“Fed.2009(GRCh37/hg19)”,其它的采用默认的,在文本域中拷入下面的序列,点击文本域下的“submit”提交就可以了。 继续阅读

EMBOSS简介

EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite)欧洲分子生物学开放软件包,整合了目前大部分序列分析软件,可以进行序列转换,序列比对,序列翻译,酶切分析,引物设计,CpG岛分析等等等等,目前共有261个程序,程序使用也比较简单,根据需要挑选合适程序,设置恰当参数,调用就可以了。因为其软件开放,特别适合批量分析,可以根据自己的需要修改和调用,是生物信息中不可或缺的工具。不过需要注意的是由于版本的不同,或者开发者所处时代的局限性,有些软件开发得比较早,对于今天可能不再实用,所以不能都照搬,一定要做测试验证。还有一个问题是图形化界面不是太丰富。感兴趣的话可以下载

一批经过验证的高效miRNA引物

今天阅读文献,发现了一批经实验验证的高效的miRNA引物,这些引物能特异扩充对应的96个与Cancer相关的miRNA,可以识别单碱基差异,其方法也比较独特,引物工作流程可以参考下图,具体实验流程可参考原文。对于用荧光定量PCR(RT-PCR)研究miRNA的研究人员或许有些用处。 继续阅读

NCBI中RefSeq各种accession说明(二)

在前面介绍了一些常见序列的accession号,其实在NCBI中还有很多accession号,仅与RNA相关的就有116种,这里各举一个例子供参考。不同的编码代号代表不同的意思,如NM_开头的表示标准序列,XM_表示预测的蛋白编码序列,NR_表示非编码蛋白的mRNA序列,AF开头的表示克隆序列,BC开头的表示模板序列,大家可以细细研究。 继续阅读