文章，能看到这篇文章也是一种幸运，真的受益匪浅，对我有很大启迪，这篇文章将会改变你我的一生，真的太好了，希望与有缘人分享，也希望对有缘人有所帮助！看完之后有种“相见恨晚”的感觉，特别激动，希望大家好好的珍藏这篇文章，相信多年以后，再来看这篇文章，一定有不同的感觉。 正如”打工皇帝”唐骏说：”我觉得有两种人不要跟别人争利益和价值回报。第一种人就是刚刚进入企业的人，头5年千万不要说你能不能多给我一点儿工资，最重要的是能在企业里学到什么，对发展是不是有利……”
人总是从平坦中获得的教益少，从磨难中获得的教益多；从平坦中获得的教益浅，从磨难中获得的教益深。一个人在年轻时经历磨难，如能正确视之，冲出黑暗，那就是一个值得敬慕的人。最要紧的是先练好内功，毕业后这5年就是练内功的最佳时期，练好内功，才有可能在未来攀得更高。 继续阅读
| $_SERVER[‘PHP_SELF’] | 当前正在执行脚本的文件名，与 document root相关。 |
| $_SERVER[‘argv’] | 传递给该脚本的参数。 |
| $_SERVER[‘argc’] | 包含传递给程序的命令行参数的个数（如果运行在命令行模式）。 |
| $_SERVER[‘GATEWAY_INTERFACE’] | 服务器使用的 CGI 规范的版本。例如，“CGI/1.1”。 |
| $_SERVER[‘SERVER_NAME’] | 当前运行脚本所在服务器主机的名称。 |
| $_SERVER[‘SERVER_SOFTWARE’] | 服务器标识的字串，在响应请求时的头部中给出。 |
| $_SERVER[‘SERVER_PROTOCOL’] | 请求页面时通信协议的名称和版本。例如，“HTTP/1.0”。 |
| $_SERVER[‘REQUEST_METHOD’] | 访问页面时的请求方法。例如：“GET”、“HEAD”，“POST”，“PUT”。 |
| $_SERVER[‘QUERY_STRING’] | 查询(query)的字符串。 |
| $_SERVER[‘DOCUMENT_ROOT’] | 当前运行脚本所在的文档根目录。在服务器配置文件中定义。 |
| $_SERVER[‘HTTP_ACCEPT’] | 当前请求的 Accept: 头部的内容。 |
| $_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_CHARSET’] | 当前请求的 Accept-Charset: 头部的内容。例如：“iso-8859-1,*,utf-8”。 |
| $_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_ENCODING’] | 当前请求的 Accept-Encoding: 头部的内容。例如：“gzip”。 |
| $_SERVER[‘HTTP_ACCEPT_LANGUAGE’] | 当前请求的 Accept-Language: 头部的内容。例如：“en”。 |
| $_SERVER[‘HTTP_CONNECTION’] | 当前请求的 Connection: 头部的内容。例如：“Keep-Alive”。 |
| $_SERVER[‘HTTP_HOST’] | 当前请求的 Host: 头部的内容。 |
| $_SERVER[‘HTTP_REFERER’] | 链接到当前页面的前一页面的 URL 地址。 |
| $_SERVER[‘HTTP_USER_AGENT’] | 当前请求的 User_Agent: 头部的内容。 |
| $_SERVER[‘HTTPS’] | 如果通过https访问,则被设为一个非空的值(on)，否则返回off |
| $_SERVER[‘REMOTE_ADDR’] | 正在浏览当前页面用户的 IP 地址。 |
| $_SERVER[‘REMOTE_HOST’] | 正在浏览当前页面用户的主机名。 |
| $_SERVER[‘REMOTE_PORT’] | 用户连接到服务器时所使用的端口。 |
| $_SERVER[‘SCRIPT_FILENAME’] | 当前执行脚本的绝对路径名。 |
| $_SERVER[‘SERVER_ADMIN’] | 管理员信息 |
| $_SERVER[‘SERVER_PORT’] | 服务器所使用的端口 |
| $_SERVER[‘SERVER_SIGNATURE’] | 包含服务器版本和虚拟主机名的字符串。 |
| $_SERVER[‘PATH_TRANSLATED’] | 当前脚本所在文件系统（不是文档根目录）的基本路径。 |
| $_SERVER[‘SCRIPT_NAME’] | 包含当前脚本的路径。这在页面需要指向自己时非常有用。 |
| $_SERVER[‘REQUEST_URI’] | 访问此页面所需的 URI。例如，“/index.html”。 |
| $_SERVER[‘PHP_AUTH_USER’] | 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是用户输入的用户名。 |
| $_SERVER[‘PHP_AUTH_PW’] | 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是用户输入的密码。 |
| $_SERVER[‘AUTH_TYPE’] | 当 PHP 运行在 Apache 模块方式下，并且正在使用 HTTP 认证功能，这个变量便是认证的类型。 |
原来做过本地blast，但那是三年前的事了，这次来新单位后要重新自己构建blast，才发现NCBI中blast已经有了很多变化，默认连接的下载页面变成了blast+，blast+中主要程序描述如下：
| Program | Function |
|---|---|
| blastdbcheck | 检查数据库完整性 |
| blastcmd | 从blast数据库中检索序列或其它信息 |
| blast_aliastool | 创建数据库别名 |
| blastn | 核酸序列与核酸数据库比较 |
| blastp | 蛋白质序列与蛋白质数据库比较 |
| blastx | 核酸序列与蛋白持数据库比较 |
| blast_formatter | 使用指定的ID格式化网络blast结果 |
| convert2blastmask | 转换小写的masking成makeblastdb可读格式 |
| dustmasker | 过滤掉低重复序列 |
| lagacy_blast.pl | 转换一个legacy blast search程序为blast+配对并执行 |
| makeblastdb | 格式化一个FASTA文件为一个blast数据库 |
| makembindex | 为一个存在的核酸数据库建立一个megablast索引 |
| psiblast | 查找蛋白质家族，计算提供的蛋白质的遗传距离或者建立位置特异性矩阵 |
| rpsblast | 从一个蛋白质保守区域数据库中检索蛋白序列的功能区域 |
| rpsblast | 将核酸序列以六种阅读框的形式转换成蛋白序列后从蛋白保守区域数据库中检索蛋白功能区域 |
| segmasker | 过滤掉低重复序列并转换成蛋白序列 |
| tblastn | 在核酸数据库中检索蛋白序列 |
| tblastx |
核酸与核酸数据库在蛋白质水平比较 |
| update_blastdb.pl | 在NCBI中下载blast数据库 |
这个blast+程序虽然功能强大了，但一下子还用不习惯，而且平时用得最多的比较两个序列的程序也没有，于是想找原来的blast，阅读了大量的说明，花了我半天的时间终于找到了，地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST ，下载与系统匹配的就可以了，一般如果是windows XP 系统就下载win32的，windows 7或windows 8 64位的就下载win64，而我的系统为ubuntu 64位系统就下载了blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz，解压后在解压文件的/bin/文件夹就可以看到熟悉的blastall,formatdb,bl2seq等程序了，具体功能描述如下（原始说明）：
| Program | Function |
|---|---|
| bl2seq | Directly comparing two FASTA sequences |
| blastall | legacy blast containing the subfunction of blastn, blastp, blastx, tblastn, and tblastx |
| blastclust | Clusters input FASTA sequences into related groups |
| blastpgp | Standalone PSI-BLAST for search of distantly related protein sequences and generate position-specific matrices |
| copymat | Copies blastpgp output for input to makemat |
| fastacmd | Retrieves specific sequence or dumps the sequences from a formatted blast database |
| formatdb | Convert FASTA formatted seqeucne file into BLAST database |
| formatrpsdb | Format scoremat files into an RPSBLAST database |
| impala | protein profile search program, mostly replaced by rpsblast |
| makemat | Convert the copymat files into scoremat format, no loger needed by new blastpgp output |
| megablast | Faster batch blastn program that uses greedy-algorithm. Works in contiguous or more sensitive discontiguous mode |
| rpsblast | reverse PSI-BLAST program for searching against conserved domain database |
| seedtop | Pattern search program |
关于程序调用方法网上有很多资料，就不多在这里重复，这里只举个简单的例子，如调用bl2seq，“./bl2seq -i seq1.fa -j seq2.fa”。
以下是《Bioinformatics》2013年4月12日文章列表，不过貌似需要Oxford Journals的权限才能下载到全文。
下面收集了几乎所有PHP与字符串处理相关的函数，每个函数都可链接到官方函数说明网站，方便大家查找。 继续阅读
因为各数据库对基因组有一套自己的命名法则，往往说的名称不一样，但基因组序列相同，如UCSC的hg19和NCBI的GRCh37就是同一基因组，现将UCSC中基因组版本与其它数据库版本的对应关系列出，方便大家查找。 继续阅读
编者按：一年之前看到的这篇文章，觉得感触很大，很大程度上解决了当时初入职场的迷茫，今天整理文件无意中看到，又看了一遍，决定和大家分享，希望对那些职场迷茫的人有所帮助。 继续阅读
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Original Papers
Protein signature-based estimation of metagenomic abundances including all domains of life and viruses
Bioinformatics published 15 February 2013, 10.1093/bioinformatics/btt077
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