在设计KASP引物时，需要知道双等位基因型对应的碱基，这就需要从GT中却除重复的基因型，可以参考下面的代码：
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $string="A/C A/C A/C A/C A/C A/A A/C A/A A/C A/C A/C A/C A/A A/C A/C A/A";
$string=~s/\s+//g;
while($string =~ s/((.).*)\2+/$1/g) {};
print $string."\n";
当需要去掉序列的分行符或者是建立序列的索引时，当序列文件较大时，不好将文件读入内存，需要一行一行的去读取，但怎样判断到了文件最后一行呢，在perl中一般用eof函数，但 eof 和带空圆括弧对 () 的 eof()表示的意思是不一样的，特别容易混淆。带圆括弧的 eof() 只是检测一组文件中的最后一个文件的文件结束，而 eof（没有圆括弧）在 while (<>) 循环里检查每个文件的文件结束。下面是建立fasta文件索引的代码。
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $genome_file = “genomic.fna";
open(F, $genome_file);
#open(OUT, ">outfile");
my %chr2seq;
my $id="";
my $seq="";
while(<F>){
if(/^>(\S+)/){
if($id){
$chr2seq{$id}=$seq;
$seq="";
}
$id=$1;
}else{
s/\s+$//;
$seq.=$_;
}
if(eof){
$chr2seq{$id}=$seq;
}
}
当单位或者公司发布通讯录时，会增加很多新的联系人，一个一个的导入实在是太麻烦了，所以打算自己写个代码生成个联系人文件，然后导入手机中就可以了，费话不多说，开干。
首先 将联系人信息用EXCEL整理成三列 ，第一列为姓名，第二列为手机号码，第三列为邮箱，其它也是可以加一些分组信息和地址之类的信息，但考虑信息越详细，信息泄露的后果就越严重，因此只选择添加手机号码和邮箱。整理好后复制到一个”input.txt”的文本文件，可以用记事本创建。运行下面perl程序。
将生成的“contacts.vcf”文件传到手机，然后用“联系人”或“电话本”打开这个文件，就会提示导入联系人，成功导入后，选择手机中的整理联系人，合并名字重复的联系人就可以了。
#!/usr/bin/perl
##用perl处理Excel通讯录(从Excel复制到input.txt),最后形成vCard的
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#input.txt文件格式如下:
#第一列姓名,第二列手机号码,第三email,中间制表符分开
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#比如输入文件内容如下：
#张三 手机号码 email
#李四 手机号码 email
###############################################################
#输出内容如下:
#BEGIN:VCARD
#VERSION:2.1
#N;CHARSET=UTF-8;ENCODING=QUOTED-PRINTABLE:;=E6=9D=8E=E5=9B=9B;;;
#FN;CHARSET=UTF-8;ENCODING=QUOTED-PRINTABLE:=E6=9D=8E=E5=9B=9B
#TEL;CELL:1234567
#EMAIL;X-internet:yuyin110110110@163.com
#END:VCARD
###############################################################
##perl convert2vcf.pl
##Eidit by XiaowenH 2020-05-20
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use strict;
use warnings;
#先打开读取文件内容,保存到数组里面
open(FH, "input.txt");#读取通讯录
my @data=<FH>;
close(FH);
#输出结果
open(OUT,">contacts.vcf"); #输出通讯录
foreach my $line (@data){
$line=~s/\s+$//;
my @l=split/\t/,$line;
my $name = $l[0];
$name=~s/^\s+//g; ###去掉名字开头和结尾空格
$name=~s/\s+$//g;
my $phone="";
if(exists $l[1]){
$l[1]=~s/^\s+//g; ###去掉电话号码开头和结尾空格
$l[1]=~s/\s+$//g;
$phone=$l[1];
}
my $email = "";
if(exists $l[2]){
$email = $l[2];
}
print OUT "BEGIN:VCARD\n";
print OUT "VERSION:2.1\n";
print OUT "N;CHARSET=UTF-8;ENCODING=QUOTED-PRINTABLE:;$name;;;\n";
print OUT "FN;CHARSET=UTF-8;ENCODING=QUOTED-PRINTABLE:$name\n"; #姓名
print OUT "COUNTRYISO:CN\n";
print OUT "TEL;CELL:$phone\n";#手机号
print OUT "EMAIL;X-internet:$email\n";#邮箱
print OUT "END:VCARD\n";
}
close(OUT);
最近用DBI模块写个了mysql接入函数，但得到的return一直不能输出结果，后来经过思考，原来是二维数组传递的问题，终于解决了，特此为记。
下面这个是mysql接入函数：
sub mysql_connect(){
use DBI;
my ($sql,$db)=@_;
my $usr="selectonly";
my $passwd="yuyin_110";
my $dbh=DBI->connect("DBI:mysql:$db",$usr,$passwd);
if(!$dbh){
print "connect lost\n";
}else{
my $sth=$dbh->prepare($sql)or die "Can’t prepare $sql: $dbh->errstr\n";
$sth->execute()or die "Can’t execute the query: $sth->errstr";
my $data=$sth->fetchall_arrayref();
$sth->finish;
return $data;
}
}
现在的问题是输出$data的内容，而$data返回的是一个二维数组的引用地址，可以用以下方法分层输出这个数组：
my $sql="select * from test limit 1000";
my $b=mysql_connect($sql,"test");
my @r=@$b; #####因为$b获得的只是一个引用地址，可以用@变成数组，这个数组这储存了一系列一维数组地址
foreach(@r){
my @each=@$_; ######道理与获得二维地址一样
foreach(@each){
print $_."\t";
}
print "\n";
}
Perl DBI是Perl数据库接口(Perl Database Interface，简称DBI)。通过提供一系列在内部上能够转化成原始调用函数的功能，DBI模块为很多不同的数据库提供了一个统一的接口,包括mysql,Oracle等。
可移植的DBI方法：
connect 建立到一个数据库服务器的连接
disconnect 断开数据库服务器的连接
prepare 准备执行一个SQL语句
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perl将数组传入函数的方法与其它语言略有不同，需向函数传入数组引用，如下面的例子: 继续阅读
perl中真的判断和大多数计算机语言中稍微有些不同。下面标量可以表示不同种类的真值：
1、除””和”0″外，所有的字符串为真。
2、除0外，的有数字为真。
3、所有引用为真。
4、所有未定义的值为假。
为了加深理解，可以看看下面的例子： 继续阅读
在perl散列中，大括号是一个必需元素，里面标识符使用不当会产生不可预料的错误。 继续阅读
